检疫是屠宰生产线中的重要一项工作，以下是屠宰流水线的检疫工作的具体做法：屠宰流水线在屠宰后检疫结果处理中，要对宰后检疫合格的猪胴体加盖检疫合格验章及签发动物及动物产品检疫合格证明。
1、对于检疫不合格的猪、残猪应该按照相应的规定进行剔除、高温、销毁及工业用等处理，详细做好检疫结果记录，包括各个岗位的检疫情况，病猪的主要病变、诊断结果及处理情况，并保存资料两年以上。
2、肉尸检疫，屠宰生产线肉尸检疫的主要内容包括放血程度、肌肉、脂肪、淋巴结和肾脏等方面检疫。首先判定放血程度，视检皮肤、皮下组织、脂肪、肌肉、胸腔、腹腔、关节、筋腱。摘除肾上腺，剖检颈浅背侧淋巴结、股前淋巴结、腹股沟浅淋巴结、腹股沟深淋巴结，必要时，增检颈深后淋巴结和胭淋巴结。摘除甲状腺复检盖印，屠宰流水线在加盖检疫合格验章前对肉尸进行全面的检查，防止漏检、错检，合格的加盖检疫验章。
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